Regentschap – Filips de Schone
In 1482 krijgt Maximiliaan van de Staten-Generaal het regentschap, maar hij moet met Frankrijk een verdrag sluiten. De gemeenten staan tegen hem op, maar moeten in 1492 met de Vrede van Cadzand afstand doen van hun macht.

Filips de Schone
Nadat Maximiliaan keizer was geworden, kreeg in 1494 de zestienjarige Filips de Schone de troon. Met Engeland sloot hij een belangrijk economisch verdrag (Intercursus Magnus). Hij huwde Johanna van Castilië, de dochter van de koningen die Spanje hadden eengemaakt. In 1504 erfde Filips ook de troon van Spanje. Om een pro-Spaanse politiek te voeren sloot hij met de Engelsen een nieuw handelsverdrag (Intercursus Malus), dat voor onze gewesten ongunstig was. Zijn vrouw, Johanna, werd waanzinnig.

Karel V, vorst der Nederlanden
Karel V met baard om zijn Habsburgse kin te bedekken en hond. Schilderij door Jakob Seisenegger uit 1532
In Gent geboren in 1500, was Karel zes jaar oud toen zijn vader stierf. Regentes werd zijn tante, Margareta van Oostenrijk. Frankrijk was op dat ogenblik te druk bedrijvig in Italië, zodat onze gewesten werden gerust gelaten.

Karel was iemand die niet paste in zijn tijd: hij koesterde het ideaal van de middeleeuwse keizer, die samen met de paus over de Kristenheid waakt. Hij heeft oorlog gevoerd op politiek en godsdienstig vlak: tegen de Franse koning, en tegen de Hervorming. Op geen van beide fronten behaalde hij grote successen.

Het Heilige Roomse Rijk en de erflanden van Karel V tegen het eind van zijn regeerperiodeIn 1515 erkenden de Staten-Generaal hem als onze vorst. In 1516 werd hij koning van Spanje. Vanaf dan is onze vorst drie eeuwen lang in het buitenland, en worden onze gewesten bestuurd door een gouverneur of regent(es). Tot 1530 was dat opnieuw Margareta van Oostenrijk, daarna, tot 1555, Maria van Hongarije. In 1519 was de keizerskroon vacant en, tegen de verwachtingen, werd Karel ook effectief keizer. Karel bleef oorlog voeren. Toen Frans I gevangen was genomen, werd hij slechts vrijgelaten omwille van de Vrede van Madrid (1526), waarin Frankrijk definitief afzag van elk gezag over Vlaanderen.

In 1555 deed Karel afstand van de macht. Hij trok zich terug in het Spaanse klooster van Yuste, waar hij in 1558 stierf.

Karel V in Augsburg in 1548 (Titiaan)
Binnenlandse politiek
De laatste keer dat een gemeente naar zelfstandigheid streefde, was toen Gent in 1539 weigerde belasting te betalen. De stad moest het onderspit delven: haar muren werden gesloopt en haar voornaamste burgers gedood. Hier ontstond de bijnaam van de Gentenaars, de stropdragers.

Karel vervolgt de centralisatiepolitiek van zijn vader. Hij veroverde Noord-Nederland en hij rondt de Nederlanden af tot de XVII Provincies. Naar buiten wordt dit gebied een eenheid door de Transactie van Augsburg (1548), die stelde dat de Nederlanden als Boergondische Kreits zelfstandig, maar met het Rijk verbonden, zouden bestaan. Naar binnen toe kreeg de eenheid gestalte in de Pragmatieke Sanctie (1549), die van de Nederlanden een onscheidbaar geheel maakte: bij gebeurlijk overlijden van de vorst zou er slecht één persoon in aanmerking komen als vorst voor de zeventien provincies.

Filips de Schone had in 1504 als hoogste rechtsinstelling de Grote Raad van Mechelen opgericht. Karel behoudt de instellingen van zijn vader, soms onder andere namen. Zo bestuurde de gouverneur-generaal het land bij afwezigheid van de vorst. Hij of zij had een grotere macht dan de kanselier. Om de gouverneur bij te staan werden de drie Collaterale Raden opgericht: de Raad van State, met daarin de hoogste adel, hield zich bezig met politiek bestuur, hij was zeer invloedrijk; de Geheime of Privé-Raad zorgde voor recht en wetteksten, zijn specialisten kwamen meestal uit de lagere adel en de burgerij; de Raad van Financiën beheerde de staatsgelden.

Als gewestelijke instellingen bleven de Staten-Provinciaal en de Staten-Generaal bestaan, maar de Staten-Generaal had geen eigen rechtsbevoegdheid, en was een tussenorgaan tussen de vorst en de Staten, die een recht behielden van hulde en bede (erkenning van de vorst, heffing van belastingen). Karel groepeerde de vorstendommen in gouvernementen, met aan het hoofd de gouverneur. de gouverneur-generaal evolueert tot landvoogd, de gouverneur tot stadhouder.

Karel V en de Reformatie
De katholieke godsdienst, ten prooi aan onwetendheid van zijn priesters, bijgeloof van zijn gelovigen, zedenverval van zijn aanhangers, had de Reformatie als gevolg. Die noodzakelijke en goed bedoelde hervormingen werden niet altijd op de ideale manier doorgevoerd: tegenstellingen, verscheurdheid en oorlog waren het gevolg. Karel V keerde zich hier scherp tegen in Plakkaten, die op de -in zijn ogen- ketterij de doodstraf stelde, en met de oprichting in 1522 van de Inquisitie, die de “ketters” moest berechten. Deze godsdienstvervolging is een heel belangrijke factor geweest die zou leiden tot de splitsing van de nog niet lang ééngemaakte Nederlanden.